Проектирането на помещения, в които изискванията за хигиена и стерилност играят водеща роля, е значително специфично. Чистите помещения са проектирани така, че да поддържат изключително ниски нива на частици, като прах, организми, пренасяни по въздуха, или изпарени частици и др. Функционалните схеми в производствените мощности на Чайкафарма в Пловдив и Варна включват комплекси за чисти помещения, осигуряващи контролирана среда с нива на чистота, определени количествено чрез броя на частиците на кубичен метър при предварително определена молекулна мярка. Освен чистотата на въздуха се контролират и редица други параметри – относителна влажност, температура, атмосферно налягане. Изборът на довършителни материали също е предмет на редица специфични изисквания. Безшевните PVC повърхности на ролките осигуряват цялостно почистване и дезинфекция. Стените се преграждат от сандвич панели с интегрирана структурна част и прахово боядисани стоманени повърхности или HPL и полиуретанова сърцевина. Покритията на тавана се състоят от панели или алуминиеви системи за закрепване.